スーパーマンの行動が野放しになることを恐れたバットマンは、スーパーマンに立ち向かう。一方、世界は真に必要なヒーロー像を模索する。バットマンとスーパーマンが互いに争う中、レックス・ルーサーによって新たな脅威、ドゥームズデイが生み出される。スーパーマンとバットマンは、互いの意見の違いを乗り越え、ワンダーウーマンと共に、レックス・ルーサーとドゥームズデイによるメトロポリスの破壊を阻止しなければならない。