ゴッサムに新たな脅威が出現し、実験技術が次々と盗まれていく中、バットマンは警戒を強める。しかし、地下に潜む戦士集団、ティーンエイジ・ミュータント・ニンジャ・タートルズもまた、この事件に追われていた。レオナルド率いる謎の格闘家たちは、頭脳明晰なドナテロ、勇猛果敢なラファエロ、そして皮肉屋のミケランジェロと共に、ダークナイトと激突する。DCコミックスの人気クロスオーバー作品を基に、ゴッサム・シティ史上かつてない、スリリングでハイテンションな冒険が幕を開ける！