マスターチーフ・ジョン117は、エリート・スパルタン部隊を率いて、コヴナントと呼ばれる異星人の脅威に立ち向かう。荒廃した惑星で衝撃的な事件が発生。ジョンは、自らの戦いが変わろうとしているという予感を拭い切れず、誰も信じないであろう事実を証明するために、すべてを賭ける。それは、コヴナントが人類最大の拠点への攻撃を準備しているという真実だ。銀河が危機に瀕する中、ジョンは人類の救済、あるいは絶滅への鍵となるヘイローを探す旅に出る。