先見の明を持つ脚本家・監督ギレルモ・デル・トロ（『ブレイドII』『デビルズ・バックボーン』監督）が贈る、マイク・ミニョーラによるダークホース・コミックスの人気シリーズ『ヘルボーイ』を原作とした超自然アクション・アドベンチャー。地獄の炎の中で生まれ、悪事を働くために幼児として地球に連れてこられたヘルボーイ（ロン・パールマン）は、慈悲深いブルーム博士（ジョン・ハート）によって邪悪な勢力から救出され、英雄へと育てられる。ブルーム博士の秘密組織「超常現象研究防衛局」で、ヘルボーイはテレパシー能力を持つ「マーマン」エイブ・サピエン（ダグ・ジョーンズ）と、炎を操る愛する女性リズ・シャーマン（セルマ・ブレア）という、あり得ない家族を築く。彼らは、守るべき社会から身を隠し、ヘルボーイをダークサイドに引きずり込み、その力を使って人類を滅ぼそうとする邪悪な狂人から、防衛の要として立ちはだかる。