シーザーの統治から数世代後の未来、猿たちは支配種として調和的に暮らし、人類は影に隠れていた。新たな猿の覇者が帝国を築き上げる中、一匹の若い猿が過酷な旅に出る。その旅は、過去への疑問を生み、猿と人類の未来を決定づける選択へと繋がる。