ラクーンシティとして知られる産業の中心地の地下で、何か腐敗したものが醸成されている。数百万人の住民が知らないうちに、ハイブと呼ばれる巨大な地下バイオエンジニアリング施設が、致死性で変異性の高いTウイルスを誤って放出してしまったのだ。 従業員全員が死亡している。漏洩を阻止するため、統括スーパーコンピューター「レッドクイーン」はすべての出入口を封鎖した。レイン（ミシェル・ロドリゲス）、アリス（ミラ・ジョヴォヴィッチ）、マット（アンソニー・ジョヴォヴィッチ）を含む、高度に訓練されたスーパーコマンドーチームが、 （エリック・メビウス）は、人類を蝕むT-ウイルスを隔離するため、ハイブへの侵入を急がなければならない。そのためには、レッド・クイーンの強固な防御を突破し、人食いアンデッドの職員たちと対峙し、殺人ミュータント犬と戦い、そして 犠牲者を殺せば殺すほど強さが増す、遺伝子変異を起こした凶暴な獣、リッカーと戦います。