サンフランシスコでは、ジル・バレンタインがゾンビの発生と新たなTウイルスに対処し、レオン・ケネディは誘拐されたDARPAの科学者を追っており、クレア・レッドフィールドは湾でクジラを襲う巨大な魚の調査にあたる。クリス・レッドフィールドとレベッカ・チェンバースも加わり、彼らはそれぞれの事件から得られた手がかりがすべて同じ場所、アルカトラズ島に集まっていることを発見する。そこには新たな悪が住み着き、彼らの到着を待ち構えていた。