クラスメートとのヨーロッパ研修旅行は、ピーター・パーカー（トム・ホランド）にとって、別人格のスパイダーマンとしてのスーパーヒーロー生活から解放される絶好の機会となるはずだった。しかし、スーパースパイのニック・フューリー（サミュエル・L・ジャクソン）にスカウトされ、スパイダーマンはすぐに任務に復帰。「ミステリオ」ことクエンティン・ベック（ジェイク・ギレンホール）とチームを組み、一見すると想像もつかない危険な任務に挑むことになる。ゼンデイヤ、ジョン・ファヴロー、マリサ・トメイが共演する、楽しさ満載のマーベル続編。