彼の過去は隠されていた。答えを求める彼の探求は始まったばかりだ。 社会から疎外されたティーンエイジャーのピーター（アンドリュー・ガーフィールド）は、自身の過去の謎を解き明かし、高校時代の片思いの相手、グウェン・ステイシー（エマ・ストーン）の心を掴もうと日々奮闘している。幼い頃に彼を捨てた父親の遺品である謎めいたブリーフケースが、 ピーターは父のかつての相棒、コナーズ博士のもとへ辿り着く。父の秘密を知ったことで、スパイダーマンになるという彼の運命は大きく変わり、コナーズの悪役の分身であるリザードと対峙することになる。