ルーマニアの修道院で、若い修道女が自殺した。バチカンは、過去に悩まされた司祭（デミアン・ビチル）と、最後の誓願を控えた修道女（タイッサ・ファーミガ）を調査に派遣する。二人は共に、修道会の不浄な秘密を暴き出す。命だけでなく、信仰と魂をも危険にさらしながら、二人は『死霊館 エンフィールド事件』で初めて観客を恐怖に陥れた悪魔のような修道女の姿をした邪悪な力に立ち向かう。修道院は生者と堕落者の恐ろしい戦場と化す。