詳細：この2枚組CD拡張版には、オリジナルアルバムに加え、未発表曲19曲を収録したディスクが収録されています。『A Ghost Is Born』のレコーディングには、ジェフ・トゥイーディー、ジョン・スターラット、リロイ・バック、グレン・コッチ、ミカエル・ジョーゲンセンが参加しました。前作『Yankee Hotel Foxtrot』のミックスを担当したジム・オルークが、ウィルコと共にアルバムを共同プロデュースしました。セッション終了後、リロイ・バックはウィルコを脱退し、バンドはパット・サンソンとネルス・クラインという2人の新メンバーの加入を発表しました。サンソンとクラインはウィルコと共にAGIBのプロモーションツアーに参加し、そのラインナップは2004年以来変わっていない。トゥイーディーがメアの新しいライナーノーツで述べたように、「あのレコードを作って、それからこのラインナップを見つけたことが、何かの始まりだった。何でも演奏できるバンドを持つということ。だからこそ、20年経った今でも僕らはここにいて、続けているんだ。」ウィルコは2002年初頭、シカゴのソーマEMSで、後に『A Ghost Is Born』となる曲のセッションを開始した。そこで彼らは『Yankee Hotel Foxtrot』をミックスした。アルバムの大部分は、オルークとエンジニアのクリス・ショウと共にスタジオでライブ録音された。彼らはまた、そこでエンジニアで後にバンドメイトとなるミカエル・ヨルゲンセンとも再会した。ソーマでは、バンドはトゥイーディーの歌詞、詩、散文のノートを使って曲のスケッチを始めた。メアはこう記している。「より伝統的な楽曲制作の合間に、グループはスタジオでコンセプチュアルな即興演奏を次々と行っていた。これらの音楽的実験は、広く『ファンダメンタルズ』と呼ばれていたが…コッチェが言うところの『新たなグループのアイデンティティを模索する試み、このバンドをどう発展させられるかを探る試み』の一部だった。2003年の秋、バンドはシアー・サウンドでのレコーディングを終えるため、ニューヨークへ拠点を移した。「バンドはシカゴを離れ、これまでの仕事モードから抜け出し、レコード制作のことだけを考える必要があったように思えた」とオルークはメアに語った。そこで、大きなスタジオの片隅で一緒に演奏することで、アルバムは最終的な形を掴み始めた。薬物依存とリハビリから抜け出したトゥイーディーは、『A Ghost Is Born』を振り返ってどう感じているかを語った。彼はメア誌にこう語った。「アルバムが何か暗い感じになって、もう私らしくないんじゃないかと心配していました。でも、アルバムは私という人間を先取りしていました。それは私が守ろうとしていた私の一部、つまり世界に対する情熱と怒り、そしてオープンで愛情深い部分でした。私は音楽を通して、感情的に一人でそこにたどり着く前に、そこにたどり着いたのです。」